המודל הפדגוגי של בינה מבוסס ברובו על שימוש במחשב כשער אינטגראלי להשגת המטרות והיעדים החינוכיים בכל אחת מתוכניות הלימוד בחברה. השיטה מבוססת על ההנחה כי המחשב מהווה עבור התלמיד פלטפורמה זמינה ומוכרת ובכך מאפשר השימוש בו את החדרת חמשת העקונות המנחים עליהם מבוסס המודל הפדגוגי:

1. התאמת התוכן ע"פ קהל יעד –  כל אחת מתוכניות הלימוד מורכבת ממודולים נפרדים, דבר המאפשר להרכיב את אותה התוכנית לקהלים בגילאים שוני. כמו כןהשלד של כל אחת מתכניות החברה בנוי כתבנית אליה ניתן לצקת כל נושא  ועי" כך, לאפשר העברת כל נושא בדרך שונה ומותאמת לקהל היעד.

2. למידה סביב פרויקט –  הלמידה של כל תוכנית הבנויה סביב פרויקט אישי מאפשרת לתלמיד להביא לידי ביטוי את היצירתיות שבו וכן מגבירה את המוטיבציה, כך שהתלמיד יוצא בסיום תוכנית הלימוד עם תוצר מעשי .
3. למידה שיתופית – תלמידי התוכניות שותפים בהרכבת התרגילים והפרויקטים הסופים . מהניסיון בשטח הוכח כי שיתוף התלמידים במהלכי התוכנית מגביר את המוטיבציה והעניין סביב תכני הלימוד.

4. פיתוח וטיפוח חשיבה ומיומנויות למידה – תוכנית הלימודים כוללת מגון רחב של תרגילים ואתגרים המכוונים לגרות ולאתגר ועי" כך להעשיר והלביא לידי מיצוי  את היכולות הטמונות בתלמידים.

5. פיתוח מצוינות – תוכניות הלימוד מבוססת על תוכנות מובילות בשוק הטכנולוגי המעניקות כלים לפיתוח החשיבה, היצירתיות והמצוינות.
 
תפיסת העולם של חברת "בינה"  המבוססת על מודל זה מתיישבת עם העובדה שיצירת עניין אצל התלמיד ע"י שילוב של הנאה לצד אתגרים, שיתוף והבנת החומר. מובילה לטיפוח המצוינות ולרכישת כלים וידע הנחוצים כל כך להשתלבות בחברה עתירת הטכנולוגיה, והאתגרים של  ימנו.